Najlepiej, aby każda klasa miała osobny termin spowiedzi lub jej godzinę, gdyż ułatwia to organizację, uczestnictwo rodziców i jest wydarzeniem spokojniejszym (mniej zaangażowanych dzieci, które w dodatku dobrze się znają). Spowiedź szkolna może być przeprowadzona w taki sposób, że najpierw w kościele czy w kaplicy odbywa się krótkie nabożeństwo pokutne, w którym prosimy Boga o miłosierdzie, robimy rachunek sumienia, wyrażamy wspólnie żal za grzechy, a w końcu alfabetycznie czy inaczej ustawiamy się w kolejce do spowiedzi. W czasie, gdy kilkoro dzieci się spowiada, reszta może się modlić w kościele. Spowiedź powinna być swobodna, dlatego nie należy popędzać dzieci, bo nam się spieszy. Niech każdy spowiada się tak długo, jak zechce, chociaż dobrze jest, aby spowiedź była krótka. Jeśli jest ona dobrze przygotowana, to można konkretnie powiedzieć, co się wydarzyło i już. Owijanie w bawełnę, opisywanie tysiąca okoliczności, to nie jest dobry pomysł na spowiedź. Trzeba powiedzieć tylko to, co jest istotne. Po spowiedzi dobrze, aby dzieci miały jakiś dodatkowy plan, np. sportowy czy kulinarny. Pierwsza Spowiedź to dzień świąteczny, który warto zaznaczyć lepszym jedzeniem, jakimiś innymi detalami, które wyróżnią ten ważny i radosny moment. Jednocześnie trzeba pamiętać, że jest to bardzo ważne przeżycie emocjonalne, po którym dobrze jest rozładować emocje jakąś zabawą czy grą.